У 1993 році при Шишацькій спеціалізованій школі ім. В. І. Вернадського створений меморіальний, природничо-екологічний музей В. І. Вернадського, якому у 2004 році присвоєно звання «Зразковий музей».
Завідує музеєм Ярова Руслана Олександрівна, заступник директора з навчально-виховної роботи.
Музей Володимира Івановича Вернадського при Шишацькій спеціалізованій школі ім. В. І. Вернадського є осередком екологічної, природоохоронної освіти і виховання, сприяє формуванню у молодого покоління національної свідомості, любові до рідної землі, свого народу, забезпеченню духовної єдності поколінь і призначений для вивчення, збереження та використання матеріальної і духовної культури.
Мета діяльності музею полягає у залученні молодого покоління до вивчення та збереження історико-культурної спадщини свого народу, у формуванні освіченої творчої особистості та сприянні відродженню і розбудові національної системи освіти як найважливішої ланки виховання свідомих громадян Української держави.
Експозиції музею розміщені у двох залах (науково-просвітницькому та меморіальному) площею 42 та 16 . У шкільний науковий комплекс музею входить кабінет біології.
Кількість предметів основного фонду – а)в науковій залі-56, які входять у комплекс комбінованих рельєфних таблиць, мінерали, картини; б) у меморіальній залі – 38: меблі ХІХ століття, фотокартки в планшетах, макет дачного будинку В. І. Вернадського.
Наукова зала музею представляє собою комплекс рельєфних таблиць, діаграм, стендів, які максимально адаптовані до матеріалів та наукових даних шкільних програм предметів природничого циклу. В цій залі проводяться уроки біології, географії, хімії, екології, довкілля. У меморіальній залі проводяться екскурсії з вивчення життєвого і творчого шляху великого вченого, його наукової спадщини, зв’язків з Україною, Полтавщиною, Шишацьким краєм.
Комплектування фондів музею здійснюється у процесі походів по рідному краю, спостереження за природою, екскурсій, що дають змогу зібрати документи чи речі. Цьому сприяє щорічна участь юних дослідників нашої школи у Всеукраїнському русі учнівської молоді «Моя земля – земля моїх батьків». Уточнено окремі складові діючого тематичного маршруту екологічної стежини «Бутова гора».
За п’ять років фонди музею поповнилися експонатами: книга «Екологія та природні багатства України», подарована академіком Національної академії наук України М.В.Новіковим, книга «В.І.Вернадський і Полтавщина: факти, документи, біографія» (укладачі В.М.Самородов, С.Л.Кигим) та ювілейні конверти, на яких зображені Володимир Короленко та В.І.Вернадський подаровані В.М. Самородовим, доцентом кафедри екології, охорони навколишнього середовища та збалансованого природокористування Полтавської державної аграрної академії, фотоальбом, в якому вміщені світлини проТаврійський національний університет ім. В. І. Вернадського та зв'язок з великим вченим, подарований співробітниками університету, портрет В.І.Вернадського, вишитий на полотні, подарований Маковецькою Катериною, співробітником ІНМ імені Бакуля, погруддя В.І.Вернадського, подароване Полтавським національним технічним університетом імені Ю. Кондратюка.
Складено план роботи музею із внесенням змін до матеріалів експозицій музею, що тематично пов’язані із складними періодами життя В.І.Вернадського та його учнів, які довго замовчувались владою.
Приведено у відповідність до трактувань української та світової історичної науки терміни, вживані в музейних експозиціях.
Перевірено історичну достовірність окремих дат, тверджень, оцінок подій і фактів, які розміщені в експозиціях музею.
Екскурсійна робота в музеї ведеться учнями старших класів за певними напрямками, по кожному з яких підготовлені тексти екскурсій: «Сім’я Вернадських», «В. І. Вернадський – видатний вчений, організатор науки», «В. І. Вернадський –мислитель, вчений, громадянин, патріот», «Вчення В. І. Вернадського про біосферу та ноосферу», «Науки, в галузі яких працював академік».
Щорічно на базі музею відбуваються обласні семінари, Всеукраїнські конференції, проводяться пересувні виставки в школі та навчальних закладах району, зокрема Міжнародна науково-практична конференція «Методика викладання природничих дисциплін у вищій і середній школі»2011р., обласні семінари «Досягнення та перспективи розвитку педагогічної технології «Довкілля» у початковій школі Полтавщини» 2011р., конференція в рамках естафети педагогічних інновацій в Полтавській області (2012р.), «Цінності християнської культури як фактор морально-духовного виховання особистості» 2013 р. та обласний семінар «Формування мережі районних та міських наукових товариств як необхідна умова створення системи роботи з обдарованими дітьми в області» керівників районних та міських відділів по роботі з обдарованою молоддю «Мала академія наук» 2013р., районний семінар-практикум для педпрацівників дошкільної та початкової освіти (2013 р.), круглі столи з питань вивчення наукової спадщини
В. І. Вернадського. Кожного року в музеї відбувається виставка кращих робіт екологічних акцій: «Барви осені», «Природа і фантазія», «Збережи ялинку». Проведено 20 пересувних виставок «Здобутки польових екологічних практик» для навчальних закладів району, інтерактивні екскурсії для учнів початкових класів «Музей - це здорово», музейні уроки, а також єдині інтегровані дні для учнів 7 та 8 класів, 155 екскурсій, 30 уроків, підготовлені тексти екскурсій для учнів 3-4, 5-8 та 9-11класів. Проходить щорічна виставка екологічного плакату та кросворду під загальним девізом «Правила поведінки людини в природі», фотовиставка «Рідний край», кіносеанси про наукову спадщину В.Вернадського та його передбачення «Тайна забутих перемог. Прозріння», «В.І.Вернадський. Життя явище космічне» та інші, зустрічі з цікавими людьми (Магда В. І., місцевий краєзнавець, Онацько М.О.заслужений майстер народної творчостіУкраїни).
Щорічно до дня народження В. І. Вернадського члени ради музею організовують і проводять різні заходи: малі наукові читання, присвячені до дня народження вченого, виставки книг про життя і наукову творчість вченого, конкурс творів «Екологія і люди», інтелектуальні ігри «Найрозумніший природолюб», прес-конференції «Біосфера сьогодні», виховні години про життєвий шлях вченого, учителі-предметники розробляють уроки з використанням спадщини В. І. Вернадського, редколегія готує спецвипуск шкільної газети «Ліцеїст», присвячений великому науковцю.
Багаті матеріали музею були використані під час написання учнівської науково-дослідницької роботи МАН «В. І. Вернадський та Україна», в якій учениця досліджувала зв’язок великого вченого з Шишаччиною та Полтавщиною.
Проте у музеї є чимало матеріалів, які не використовуються безпосередньо в експозиції, але мають наукову цінність. Серед них є матеріали фенологічних спостережень, звіти експедицій, місцеві статистичні дані, пояснення топонімів, гербарії, спогади земляків, місцевий фольклор, що може становити інтерес для вчених, а також використовуються під час написання учнівських науково-дослідницьких робіт. За цими матеріалами написано 5 робіт.
Одним з головних напрямків роботи музею є участь в організації та проведенні щорічних літніх польових екологічних практик на Бутовій горі, місці, де знаходився дачний будинок В. І. Вернадського. Даний вид роботи щодо формування та розвитку обдарованої особистості здобув широку популярність в районі та області і довів свою високу ефективність. Результати польових екологічних досліджень стають темами учнівських наукових робіт, складають банк даних та використовуються при комплектуванні фондів музею.
Уже стало доброю традицією кожного року на екологічній стежці «Бутова гора» проводити посвяту в юні екологи, де 5-тикласники дають клятву берегти природу і примножувати багатства рідного краю.
Матеріали роботи музею неодноразово популяризувалися на обласному телебаченні, на сторінках обласних, районної газети «Сільське життя», шкільній радіогазеті «Шкільний майдан», сайті школи http://vernadskyschool.pl.ua. Виготовлено буклет «Музей В. І. Вернадського» та путівник «Бутова гора».
Найталановитіші діти за найкращу роботу щодо вивчення та популяризації спадщини вченого отримують путівки на відпочинок до табору «Еколог», який розташований у Полтавській області.
Важливим елементом діяльності музею є спільна робота зі шкільним науковим товариством “Паросток” щодо залучення учнівської молоді до систематичної науково-дослідницької, експериментальної роботи з біології, хімії, екології, географії, історичного краєзнавства. Багаті матеріали музею були використані під час написання учнівських науково-дослідницьких робіт МАН. Наші досягнення - переможці І етапу Всеукраїнського конкурсу-захисту науково-дослідницьких робіт учнів-членів МАН: 2011-2012р. - Дупак Валерія «Фтор у природі та його вплив на здоровя людини» (2 місце у ІІ етапі).
2012-2013 р. - Шаповалова Аліна - «Екологічний вплив комах-шкідників на ріст, розвиток та врожайність польових, городніх, сільськогосподарських та культурних рослин», Дупак Валерія «Акустичне забруднення навколишнього середовища та його вплив на підлітків», (2 місце у ІІ етапі), Самсоненко Вікторія «Апробація порід медоносної бджоли в умовах скорочення площ медоносних угідь».
2013-2014р. - Самсоненко Вікторія «Органічне сільське господарство». Нежмаков Олександр - «Екологічні аспекти боротьби з шкідниками сільськогосподарських культур за допомогою біологічного методу», Безкоровайна Аліна – «Генетично модифіковані організми».
2014-2015р. - Самсоненко Вікторія «Вплив гідроспоруд на зміну екосистеми» (3 місце у ІІ етапі), Сипко Вікторія «Шляхи вирішення екологічних проблем району».
2015-2016р. - Самсоненко Вікторія «Малі ГЕС – катастрофа чи порятунок?»
При музеї здійснюється пошукова робота, яка супроводжується дослідницькою діяльністю.
Пошуковий загін «Природолюб» (керівник Ярова Р.О.):
2012-2013н.р.:
  • дипломант обласного етапу Всеукраїнського конкурсу «Джміль та Бджілка»;
  • дипломант обласного етапу Всеукраїнського конкурсу дослідно-експерементальних робіт з природознавства «Юний дослідник», нагороджений Грамотами в обласному етапі Всеукраїнської акції «Рослини – рятівники від радіації» та в в обласному етапі Всеукраїнської трудової акції «Парад квітів біля школи»;
  • учасник обласного етапу Всеукраїнської акції «Птах року 2012 – одуд»; Яровий Богдан (10-А) відзначений Грамотою в заочній обласній фотоолімпіаді «Пізнай свій рідний край».
  • учасник обласного етапу Всеукраїнської експедиції учнівської та студентської молоді «Моя Батьківщина – Україна» у 3 напрямках: «Геологічними стежками України», «Географія рідного краю», «Духовно-культурна спадщина мого роду».

Екскурсоводи музею взяли участь у відкритому фотоконкурсі «Кращий шкільний музей».
2013-2014 н.р.:
  • учасник обласного етапу Всеукраїнської акції «Птах року 2013-бджолоїдка», обласного етапу Всеукраїнського конкурсу «Парки – легені міст і сіл»; обласного етапу Всеукраїнського конкурсу «Джміль та Бджілка»;
  • дипломант ІІІ ступеня в обласному етапі Всеукраїнської трудової акції «Парад квітів біля школи» та відзначений Листом подяки Національного ЕНЦУМ; пошуковий загін «Природолюб» нагороджений грамотою за участь у обласному етапі Всеукраїнської акції «Рослини- рятівники від радіації».
  • дипломант обласного етапу Всеукраїнського конкурсу дослідно-експерементальних робіт з природознавства «Юний дослідник» -пошукові загони «Господарочка» (керівник Корецька Г.Ф.) та «Природолюб» (керівник Ярова Р.О.) відзначені дипломами, а загін «Бджілка» (керівник бухун Т.О.), «Чомучки», «Юні фольклористи» взяли в цьому році активну участь.
  • пошуковий загін 4-Б класу (керівник Білик Л.В.) учасник обласного етапу Всеукраїнського конкурсу «Галерея кімнатних рослин».

Екскурсоводи музею - Яровий Богдан (11-Б) нагороджений грамотою за участь в обласному етапі Всеукраїнської трудової акції «Дослідницький марафон» та дипломом ІІІ ступеня за участь в обласному етапі Всеукраїнського конкурсу «Мій рідний край, моя земля» за напрямком «Експериментальна робота з біології, продуктивна праця і дослідницька робота в галузі сільського та лісового господарства», а Самсоненко Вікторія (9-А) грамотою за участь в обласному етапі Всеукраїнської акції «Ліси для нащадків».
2014-2015н.р.:
  • пошуковий загін «Природолюб» дипломант ІІІ ступеня в обласному етапі Всеукраїнської трудової акції «Парад квітів біля школи»; нагороджений грамотою за участь у обласному етапі Всеукраїнської акції «Рослини- рятівники від радіації», учасник обласного етапу Всеукраїнського конкурсу «Парки – легені міст і сіл»; дипломант обласного етапу Всеукраїнського конкурсу дослідно-експерементальних робіт з природознавства «Юний дослідник»;
  • участь пошукових загонів «Краяни» та «Бджілка» в обласному етапі Всеукраїнської краєзнавчої експедиції учнівської молоді «Моя Батьківщина – Україна». Напрям: «Козацькому роду нема переводу». Напрям: «Духовно-культурна спадщина мого роду».
  • участь пошукового загону «Бджілка» в обласному етапі Всеукраїнського конкурсу «Галерея кімнатних рослин»;

2015-2016н.р.
  • пошуковий загін «Природолюб» дипломант ІІІ ступеня в обласному етапі Всеукраїнської трудової акції «Парад квітів біля школи»; дипломант обласного етапу Всеукраїнського конкурсу «Зелений паросток майбутнього»; дипломант обласного етапу Всеукраїнського конкурсу»Ліси для нащадків»;
  • участь пошукового загону 8 класу (керівник Шевченко З.В.) в обласному етапі Всеукраїнського конкурсу «Галерея кімнатних рослин»;
  • пошукові загони «Природолюб» (керівник Ярова Р.О.) та «Бджілка» (керівник Бухун Т.О.) учасники обласного етапу Всеукраїнської краєзнавчої експедиції учнівської молоді «Моя Батьківщина – Україна»в з напрямах, зокрема напрям: «Із бабусиної криниці», «Геологічними стежками України», «Козацькому роду нема переводу».

Екскурсоводи музею є щорічними учасниками обласних зборів юних екологів в с. Міські Млини.
Учні школи продовжують збір фотодокументів, музейних предметів відповідно до змісту музейної тематики. Дуже теплі стосунки склалися між екскурсоводами музею та полтавським краєзнавцем, доцентом кафедри екології та ботаніки Полтавської державної аграрної академії Віктором Михайловичем Самородовим. Багато книг було подаровано ним для музею.
Музей співпрацює з Шишацьким краєзнавчим музеєм в рамках організації навчально-виховної роботи. Учні школи (пошукові загони «Природолюб», «Бджілка», «Краяни») використовують фонди оригінальних матеріалів музею (документи, листи, щоденники) для написання науково-дослідницьких робіт, пошукової роботи, участі у Всеукраїнських конкурсах. Учні відвідали виставку літературних видань, присвячених науковій діяльності та проживанню В.І.Вернадського в Шишаках; тематичний захід, присвячений 150-річчю з дня народження В.І.Вернадського.
Тісна співпраця із Полтавським обласним центром туризму і краєзнавства учнівської молоді, Полтавським національним педагогічним університетом ім. В. Г. Короленка, Таврійським національним університетом ім. В. І. Вернадського, з Полтавським обласним еколого-натуралістичним центром учнівської молоді, Полтавським національним технічним університетом імені Ю. Кондратюка.Гостями музею були: Ніна Супруненко, член Національної Спілки письменників України, письменник Іван Драч із дружиною Марією,В. Томенюк, відповідальний секретар федерації сільського туризму України, проф. І. Остапенко (м. Маріуполь), член-кореспондент НАН України проф.
В. Пехніч, відповідальний секретар та члени Комісії НАН України по вивченню спадщини академіка В. І. Вернадського – Т. В. Андріанова, А. Є. Голуб, академік НАН України К. М. Ситник, а також Довгий С.В., доктор фізико-математичних наук, професор, член-кореспондент НАНУ, член-кореспондент АПНУ, президент МАН,, П. І. Гончар, генеральний директор Національного центру народної культури «Музей Івана Гончара» та І.В.Пошивайло, заступник генерального директора з наукової роботи, С.О.Шевченко, український поет, заслужений діяч мистецтв України, заслужений діяч польської культури, С. А. Гальченко українськийлітературознавець,кандидат філологічних наук, заслужений працівник культури України, М. В. Новіков, професор, академікНаціональної академії наук України,заслужений діяч науки і техніки України, Камишин В. В., кандидат технічних наук, директор Інституту обдарованої дитини НАПН України, Грінче́нко В. Т., український науковець у галузях акустикита механіки рідин, академікНаціональної академії наук України,заслужений діяч науки і техніки України, Гриньова М. В., докторпедагогічних наук, професор,науковець,педагог, Бедніна В. Г., директор Полтавського облЕНЦум, Комісар С. В., директор Полтавського обласного центру туризму та краєзнавства.